Lo stemma degli Este è costituito da un'aquila d'argento in campo azzurro, che fregia la bandiera di famiglia fin dal 1239. L'azzurro era il colore usato dalla fazione guelfa mentre i Ghibellini adoperavano per lo più il rosso. I tre gigli in campo azzurro dentellato d'argento vennero aggiunti dal marchese Nicolò III, cui aveva concesso l'ambito privilegio Carlo VII, re di Francia. L'aquila imperiale in campo d'oro denota invece il feudo imperiale di Modena e Reggio, ottenuto nel 1452 dall'imperatore Federico III, gli concesse l'aquila imperiale in campo d'oro per denotare il feudo imperiale di Modena e Reggio e nello stesso tempo l'aquila, divisa longitudinalmente in una metà argentea in campo azzurro e nell'altra metà nera in campo oro, rappresenta la contea di Rovigo istituita allora. Le chiavi pontificie sono il simbolo della rinnovata investitura di Ferrara da parte di Papa Sisto IV a Ercole I nel 1474, come il triregno lo è del vicariato della Chiesa. Il gonfalone venne inserito nel 1368, nell'occasione della nomina del marchese Niccolò II a gonfaloniere perpetuo di Santa Romana Chiesa.
