Nel 1912 Jung pubblicò il suo testo fondamentale Trasformazioni e simboli della libido, dove erano presenti i primi disaccordi teorici con Freud assieme al primo abbozzo di una concezione finalistica della psiche. I disaccordi continuarono nelle conferenze sulla psicoanalisi (Fordham lectures) tenute da Jung lo stesso anno a New York. L'aspetto centrale delle differenze teoriche risiedeva in un diverso modo di concepire la libido: mentre per Freud il "motore primo" dello psichismo risiedeva nella pulsionalità sessuale, Jung proponeva di riarticolare ed estendere il costrutto teorico di libido, rendendolo così comprensivo anche di altri aspetti pulsionali costitutivi "dell'energia psichica".
La "sessualità" da costrutto unico e centrale (metapsicologia freudiana) passa a essere costrutto importante ma non esclusivo della vita psichica (punto di vista junghiano). La libido è energia psichica in generale, motore di ogni manifestazione umana, sessualità ma non solo. Essa va al di là di una semplice matrice istintuale proprio perché non è interpretabile solo in termini causali. Le sue "trasformazioni", necessarie a spiegare l'infinita varietà di modi in cui si dà l'uomo, sono dovute alla presenza di un particolare apparato di conversione dell'energia, la funzione simbolica.
Il termine "simbolo" è inteso secondo una concezione diversa da quella di Freud, che aveva assimilato il concetto di simbolo a quello di segno, sulla base dell'elemento comune del rinvio. Ma mentre il segno compone in modo convenzionale qualcosa con qualcos'altro (aliquid stat pro aliquo), il simbolo è un caso particolare del segno in cui, pur rimanendo l'elemento genericamente semiotico del rinvio, questo non è diretto a una realtà determinata da una convenzione, ma alla ricomposizione di un intero, come vuole l'etimologia della parola. Un'altra differenza: se Freud interpretava le fantasie inconsce alla stregua di meri segni di pulsioni, inaccettabili per la coscienza, per Jung esse sono, se interpretate adeguatamente dall'Io, simboli di nuove realizzazioni psichiche. Solo così si rende conto del carattere costitutivamente aperto al nuovo della psiche, non più ancorata al passato in un'inarrestabile coazione a ripetere. La funzione trascendente è capace di superare le opposizioni di cui la psiche è costituita proprio mediante la produzione di simboli. Essa opera affinché vi sia 'individuazione', processo sintetico che coinvolge gli opposti che costituiscono l'uomo, nel quale egli si riconosce nella sua autonomia dagli stereotipi culturali. L'adattamento trova la sua prosecuzione in questo processo, diviso in una fase di distinzione degli opposti, da cui si fa un "passo indietro", e in una di integrazione.
Il conflitto tra Freud e Jung crebbe al quarto congresso dell'Associazione Psicoanalitica, svoltosi a Monaco nell'agosto del 1913 contro le posizioni psicoanalitiche espresse da Janet durante la sessione dedicata alla psicoanalisi. Nell'ottobre successivo si ebbe la rottura ufficiale, e Jung si dimise dalla carica di direttore dello "Jahrbuch". Ad aprile 1914 si dimise da presidente dell'Associazione e uscì definitivamente dal movimento psicoanalitico.
La psicoanalisi, creatura i cui meriti di gestazione erano ascritti al solo Freud, per la cui nascita aveva pagato con l'isolamento e l'ostracismo da parte del mondo accademico, nuova via della conoscenza, per Jung era divenuta più importante dello stesso padre che l'aveva generata. Era nata dal lavoro di Freud e adesso si trattava di farla crescere.
L'aspetto che più li differenziava era la concezione dell'inconscio. Per Freud l'inconscio alla nascita era vuoto e durante la vita si riempiva di quanto per la coscienza era "inutile" o dannoso per l'Io:(rimozione). Invece per Jung la coscienza nasceva dall'inconscio, che aveva quindi già una sua autonomia. Inoltre, per Jung, la psicoanalisi di Freud teneva poco conto della persona nel suo contesto vitale. Invece Jung, che dava importanza alla persona e al suo contesto, fondò la "psicologia analitica", che voleva essere uno strumento per guarire da patologie psichiche e una concezione del mondo, o meglio, uno strumento per adattare la propria anima alla vita e coglierne le potenzialità di espressione e specificità individuale. Chiamò questo percorso "individuazione".
Al concetto di individuazione si lega la nozione di archetipo. Jung ipotizza che alla trasformazione della libido e ai suoi simboli sia sottesa una pluralità di "immagini primordiali", collettiva e immutabile, intese come una sorta di kantiane "forme a priori" che concorrono, come serbatoio originario dell'immaginazione, alla formazione dei simboli. La funzione trascendente proietta l'individuo fuori di sé, sul piano d'un pensiero inconscio collettivo. Se la coscienza riesce a sviluppare un atteggiamento positivo nei confronti dei simboli, prodotti di questa facoltà, l'individuo può liberarsi del disagio riaffrontandolo da un punto di vista diverso, "trascendentale". Inoltre egli, nel differenziarsi da queste matrici collettive di senso e dagli istinti primordiali, può integrare i valori universali custoditi dalla cultura, trovando una modalità personale di attuarli.
