Attualmente il livello dell'acqua del bacino superiore (settentrionale) è a circa 415 m sotto il
livello del mare ed il divario continua ad aumentare, dato che il livello continua inevitabilmente a scendere, ponendo anche il problema della sua possibile scomparsa nel medio-lungo termine.
Suddiviso in due distinti bacini, quello superiore di
profondità elevate, mentre quello inferiore non ha mai superato i 2 metri di profondità massima; quest'ultimo è oggi quasi prosciugato, mantenuto in vita solamente da un canale scavato appositamente attraverso lo spartiacque (oltreché sporadicamente alimentato dallo
Wadi Araba).
La caratteristica peculiare del Mar Morto è che l'acqua è notevolmente
salata, a causa della forte
evaporazione, e questo non consente alcuna forma di vita fatta eccezione per alcuni tipi di
batteri, da cui deriva il nome mar Morto.
La sua
salinità aumenta con la profondità. La superficie è la parte meno salata, diluita dalle acque del Giordano che trovano difficoltà a scendere negli strati più bassi più densi: scendendo a 40 m di profondità, la salinità diventa di 300 g per ogni chilogrammo di acqua, circa 8 volte quella degli
oceani (la cui salinità media è pari a circa 38 g per chilogrammo d'acqua). Verso i 100 m di profondità la salinità aumenta a 332 g per ogni chilogrammo di acqua,
saturandosi: il sale
precipita e si accumula sul fondo del mare.
L'acqua del Mar Morto, con
densità di 1,24 kg/L sempre a causa dell'elevata salinità, permette a chiunque di galleggiare senza alcuno sforzo, mentre rende molto difficile la pratica del nuoto, in quanto si emerge troppo dall'acqua.
Le acque del Mar Morto vengono usate per la produzione di
cloruro di potassio sia da società israeliane che giordane: vengono anche estratti
bromo e
magnesio, di cui il mare è ricco. L'estrazione viene fatta partendo dalle
saline, visibili dallo spazio nella estremità sud del mar Morto.
Le sue acque erano conosciute fin dai tempi dei
Romani e sono sfruttate ancora oggi, per le loro qualità curative, soprattutto per le malattie della pelle: il basso livello di
raggi UV e l'alto tasso di
ossigeno sono ottimi per la salute, l'alta concentrazione di
minerali, tra cui il
calcio e il
magnesio, che sono utili rimedi contro le allergie e le infezioni delle vie respiratorie, il
bromo che facilita il rilassamento, lo
iodio che ha effetti benefici sulle disfunzioni ghiandolari e il fango per la cura della pelle.