La vita di Maria José cambia radicalmente dopo la dopo la sconfitta della monarchia nel referendum del 1946, nel quale ella dichiarò di aver votato "scheda bianca".
Umberto II lascia l'Italia e si stabilisce in Portogallo. Maria José invece si reca in Svizzera, a Merlinge, ufficialmente per una terapia agli occhi. Di fatto questa decisione sancisce la separazione della coppia reale.
I coniugi si reincontreranno solo in occasione di matrimoni, funerali e qualche altra cerimonia ufficiale.
Per il resto, la Regina di Maggio si occupa dei figli e si dedica agli studi storici e ad iniziative di beneficenza. Viaggia molto, ma in incognito. Di rado la si vede in occasioni mondane. Restano comunque alcune foto, nelle quali si possono ammirare i gioielli di sua proprietà in quanto erede del re del Belgio.
Una delle sue principali passioni è la musica classica. Ora che gli impegni ufficiali non occupano più le sue giornate, passa molto tempo a suonare il pianoforte.
Diventa vedova il 18 marzo 1983. Qui sotto la vediamo ai funerali, assieme alla nipote, l'allora regina del Belgio, Fabiola.
Nella foto qui sotto assiste alla comunione del nipote Emanuele Filiberto.
Nel 1987 le viene accordato il permesso di tornare in Italia. Vi rientrerà nel 1988, in occasione di un convegno storico ad Aosta.
Negli anni '90 trascorre un lungo periodo in Messico, presso la figlia Maria Beatrice.
Qui, nel 1994, viene raggiunta dalla tragica notizia della morte del nipote Raffaello, figlio di Maria Beatrice.
Le circostanza della morte del giovane non sono state mai chiarite. Si è ipotizzato il suicidio, ma la famiglia ha sempre smentito.
Dopo questo lutto, ormai novantenne, Maria José si stabilisce definitivamente a Ginevra, presso la figlia Maria Gabriella.
Qui sotto una delle sue ultime foto con il figlio, il nipote e la nuora Marina Doria.
Si spegne nel gennaio del 2001, all'età di 93 anni, e viene sepolta nella cripta dell'abbazia medievale di Hautcombe.