Di lei si è detto e scritto di tutto. Secondo alcuni avrebbe avuto rapporti sessuali incestuosi con suo fratello Cesare
e persino con suo padre, papa Alessandro VI, che per lei nutriva un profondissimo affetto, e forse qualcosa di più, ma dico forse.
Da questi rapporti nacque un figlio, Giovanni Borgia, detto l'Infante Romano. La maternità di Lucrezia non è sicura. Il bambino fu comunque allevato con tutti i fasti ed ebbe una lunga vita.
Secondo altri Lucrezia fu una spia per conto del padre presso le corti dei suoi tre mariti. Fu accusata di aver fatto assassinare il secondo marito e aver avvelenato alcuni personaggi che non le stavano simpatici. Quasi sicuramente ebbe moltissimi amanti, alcuni insospettabili, come Pietro Bembo, cardinale e grande umanista e intellettuale tra i più raffinati dell'epoca. Molti la vollero ritrarre. Ecco il ritratto che le fece il Pinturicchio:
Dopo un primo fidanzamento andato a monte, nel 1493 sposò, a soli 13 anni, Giovanni Sforza, duca di Urbino.
Lucrezia a Urbino si annoiava, e per questo nel 1495 tornò a Roma e nel 1497 ottenne l'annullamento del matrimonio da parte della curia pontificia. Dopotutto, era la figlia del Papa!
Dopo numerose relazioni e alcuni scandali a sfondo sessuale, Lucrezia si sposò per la seconda volta nel 1498 con Alfonso d'Aragona, Duca di Bisceglie. Di lui non esistono ritratti, mentre di lei ce ne sono in abbondanza, eccone un altro:
Dal Duca di Bisceglie ebbe il suo primo figlio, chiamato non a caso Rodrigo.
Il Duca fu assassinato, e secondo alcuni Lucrezia fu la mandante del delitto.
Nel 1500 tornò a Roma, accolta benevolmente dal padre.
Ecco un altro dei suoi ritratti:
Nel 1503 sposò il potente Alfonso d'Este, duca di Ferrara:
Già nel 1503, Lucrezia ebbe una relazione sentimentale con il cognato, Francesco Gonzaga,
Il potere di Lucrezia era legato a quello del padre e del fratello. Nel 1503 il papa Alessandro VI morì e Cesare Borgia perse l'aiuto dello stato pontificio e del re di Francia, e dovette fuggire dall'Italia.
A quel punto la condizione di Lucrezia a Ferrara divenne pericolosa: non aveva ancora avuto figli dal duca e si era inimicata la cognata Isabella, moglie del Gonzaga.
Nel 1508 tornò nelle grazie del marito quando nacque il suo terzogenito, e primo figlio nel terzo matrimonio, Ercole d'Este, a cui seguirono Ippolito nel 1509, Alessandro nel 1514, Leonora nel 1515, Francesco nel 1516 e Isabella nel 1519.
Quest'ultimo parto le fu fatale ed in seguito ad una emorragia, Lucrezia morì, a 39 anni.